余金权出生在浙江省西南的一个偏远山区。他获得华东师范大学的化学理学士学位之后，加入中国科学院广州化学研究所，在萧树德教授的指导下从事萜烯化学和异相催化研究，并于1990年获得硕士学位。之后他在J. B. Spencer教授的指导下学习生物合成和氢化反应并于1999年获得剑桥大学博士学位。2001年至2002年，他作为哈佛大学的博士后在E. J. Corey教授的实验室从事烯丙基氢的氧化研究。2002年余金权回到剑桥大学，于2003年被选为剑桥大学化学系英国皇家学会研究员，从此开始他对不对称催化的C-H键活化的独立研究。2004年，他担任美国布兰迪斯大学助理教授。2007年加入斯克里普斯研究所并担任副教授，2012年被任命为斯克里普斯研究所化学系Frank and Bertha Hupp教授。他在2012年获得日本的Mukaiyama奖，2013年获得以色列的雷蒙德物理科学和贝弗利萨克奖，2014年获得美国化学会伊莱亚斯科里奖，2016年获得美国麦克阿瑟奖，2017年获得英国皇家学会Pedler 奖。他联合创立了Vividion Therapeutics (2016).